Deux ans ont passé. Sa formation avec Jiraya achevée, c'est un Naruto plus fort et plein d'assurance qui revient au village de Konoha. Mais la joie des retrouvailles est de courte durée.
Léon, un garçon rêveur et avide d'aventures, vit au milieu des fjords avec la prudente Chonchon, sa brebis de compagnie. Un jour, sur le chemin du village, un petit cochon tombe du ciel.
Tandis que les membres de Fairy Tail tentent de reformer la guilde, Natsu parvient à résoudre les deux grandes énigmes concernant la dissolution du groupe et les raisons de l'absence de Makarof.
Sains et saufs après le naufrage de Brigantine, le bateau de sa mère disparue qu'il a volé, le jeune Trésor et ses amis se reposent tant bien que mal sur une île pleine de dangers.