Guenièvre, en route pour célébrer son mariage avec le roi Arthur, tombe dans une embuscade, et ne doit son salut qu'au courage d'un jeune aventurier nommé Lancelot.
L'équipe IMF (Impossible Mission Force) est dissoute et Ethan Hunt se retrouve désormais isolé, alors que le groupe doit affronter un réseau d'agents spéciaux particulièrement entraînés, le Syndicat.
1976, un vol Air France de Tel Aviv pour Paris est détourné sur Entebbe, en Ouganda. Les faits qui s'y sont déroulés ont changé le cours de l'histoire.