Un soir, Airi Nishina, une lycéenne de deuxième année, se fait enlever par des inconnus. Elle se réveille enfermée dans une étrange pièce souterraine avec d'autres élèves.
Les amis arrivent au pays de Clow avec l'intention de sauver Sakura. Ils échappent à un piège de Fei-Wan et se dirigent vers les ruines où Sakura a été privée de son âme.