Un soir, Airi Nishina, une lycéenne de deuxième année, se fait enlever par des inconnus. Elle se réveille enfermée dans une étrange pièce souterraine avec d'autres élèves.
Conan et la famille Mouri se rendent sur une île en compagnie de Heiji. On prétend que la doyenne du village serait devenue immortelle après avoir mangé de la chair de sirène.