Un soir, Airi Nishina, une lycéenne de deuxième année, se fait enlever par des inconnus. Elle se réveille enfermée dans une étrange pièce souterraine avec d'autres élèves.
Conan et ses amis sont invités dans la maison du fameux magicien, Mister Masakage. Ce jour-là marque aussi le dixième anniversaire de sa soudaine disparition.