Dans un avenir proche, un pirate informatique du nom de Neo, découvre par Morpheus que la réalité n'est qu'une immense simulation créée par la Matrice, réduisant l'espèce humaine en esclavage...
Des nuées de sentinelles se rapprochent... Les agents Smith se multiplient... Néo vole... L'Elu, doté de nouveaux pouvoirs, pourra-t-il arrêter la progression des machines ?