Adaptée des romans éponymes de Philip Pullman, la série se situe dans un monde dominé par le Magisterium, un organisme gouvernemental régi par l'Eglise.
Lyra, l'enfant de la prophétie, et Will, porteur du Poignard Subtil, s'engagent pour une odyssée en direction d'un endroit dont nul n'est jamais revenu.
Joseph apprend que son fils et le compagnon de celui-ci viennent de périr dans un accident. Ils attendaient un enfant via une mère porteuse en Belgique. Que va devenir leur futur bébé ?
Sandra, Samuel et leur fils malvoyant de 11 ans, Daniel, vivent depuis un an loin de tout, à la montagne. Un jour, Samuel est retrouvé mort au pied de leur maison.